Geboren in Lahr im Schwarzwald, hat Stephan Knies Musik studiert und war zuerst Orchestermusiker, bevor er 2015 - 2017 die Leitung des Internationalen Theaters in Frankfurt/Main übertragen bekam. 2013 richtete er in Tribschen (Schweiz) ein Festival zu Richard Wagners 200. Geburtstag in dessen langjährigem Wohnhaus aus. Er hat in verschiedenen Funktionen für die Theater u.a. in Würzburg, Münster und Magdeburg gearbeitet; seit 2019 war er Dramaturg und Pressesprecher bei den Opernfestspielen in Heidenheim.
Die junge Oper Der Zauberer von Oz nach seinem Libretto wurde im Sommer 2023 bei den Opernfestspielen Heidenheim uraufgeführt und wurde beim renommierten Verlag Boosey&Hawkes verlegt.
Stephan Knies ist Jurymitglied beim Internationalen Operngesangswettbewerb Gena Dimitrova in Pleven/Bulgarien.