Annette Müller war von 2005 bis 2009 als Schauspielerin festes Ensemblemitglied am Hessischen Staatstheater Wiesbaden. 2010 wechselte sie als künstlerische Leiterin des Jungen Theaters ans Hessische Landestheater Marburg und war dort unter der Intendanz von Matthias Faltz bis zur Spielzeit 2018/19 Hausregisseurin und Schauspielerin. Seit 2017 arbeitete sie als freie Regisseurin unter anderem am Landestheater Tübingen, Theater Dortmund, Theater Magdeburg, Nationaltheater Mannheim, Theater Reutlingen, Landestheater Dinslaken, Theater Plauen-Zwickau, Landestheater Detmold, Freies Werkstatt Theater Köln, Theater Regensburg etc. und als freie Dramaturgin gemeinsam mit HARTMANNMUELLER, SEE!, Montserrat Gardo Castillo und Petr Hastik u.a. auf PACT Zollverein, im Tanzhaus NRW, FFT Düsseldorf, Urbane Künste Ruhr etc.
Annette Müller schreibt Theatertexte für Kinder- und Jugendtheater, ihre Stücke werden beim DreiMaskenVerlag in München verlegt.
2021 wurde ihr im Rahmen des Literaturstipendiums Neustart Kultur entstandenes Klassenzimmerstück harder, faster, stronger - ein Kunststück über die Leistungsgesellschaft beim Heidelberger Stückemarkt als bestes Jugendstück nominiert.
2022 gewann sie im Team mit der argentinischen Komponistin Cecilia Arditto mit ihrer Bearbeitung von Albert Camus Roman Der Fremde den internationalen Opernwettbewerb am Nationaltheater Mannheim.
Annette Müller ist Dozentin für Schauspiel und Performance an der Theaterakademie Köln.