Rainer Holzapfel studierte in seiner Heimatstadt Hamburg Musiktheater-Regie bei Götz Friedrich. Im Anschluss folgten Engagements an den Theatern Luzern, Darmstadt und Bremen und Arbeiten mit den Regisseuren Peter Palitzsch, Hans Kresnik, David Pountney und Werner Schroeter. Lehraufträge für Szenische Arbeit führten ihn an die Folkwang Hochschule Essen und an die Hochschule für Künste Bremen. Er hat in den letzten Jahren u.a. am Theater Bremen, an der Neuköllner Oper Berlin, am Theater Biel Solothurn, am Europäischen Zentrum der Künste Dresden-Hellerau, am Theater Oberhausen, am Deutschen Nationaltheater Weimar, am Theater Neustrelitz und an der Musikalischen Komödie Leipzig inszeniert. Das Spektrum seiner Arbeiten reicht von der Barockoper bis hin zum Zeitgenössischen Musiktheater und schließt Operette, Musical und Kinder- und Jugendtheater mit ein. Seine Inszenierung Lotte und Luis am Jungen Schauspielhaus Düsseldorf war 2009 für den FAUST Theaterpreis vorgeschlagen. Am Volkstheater Rostock inszenierte er bereits in der Halle 207 den Puccini-Opernkrimi La Signora Doria. Für die Spielzeit 2021/22 ist er vom Opernhaus Zürich eingeladen, Die Odyssee, eine Familienoper von Leonard Evers, uraufzuführen.